百菌清能与真菌细胞中的三磷酸甘油醛脱氢酶发生作用，与该酶中含有半胱氨酸的蛋白质相结合，从而破坏该酶活性，使真菌细胞的新陈代谢受破坏而失去生命力。此外百菌清不进入植物体内，只在作物表面起保护作用，对已侵入植物体内的病菌无作用，对施药后新长出的植物部分亦不能起到保护作用。

防治番茄早疫病、晚疫病、叶霉病等。在病害发生前开始喷药，每次每亩用75%百菌清可湿性粉剂100~150g，对水60~75kg喷雾，每隔7~10天喷药1次，共喷2~3次。

防治辣椒炭疽病、早疫病、黑斑病及其他叶斑类病害，于发病前或发病初期，喷75%百菌清可湿性粉剂500~700倍液，每隔7~10天喷1次，连喷2~4次。

防治黄瓜霜霉病，在病害发生前开始喷药，每次每亩用75%百菌清可湿性粉剂100~150g，对水50~75kg喷雾，每隔7~10天喷药1次，共喷2~3次。防治黄瓜炭疽病，喷75%百菌清可湿性粉剂500~600倍液。

防治甘蓝黑胫病，发病初期，喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液，每隔7天左右喷1次，连喷3~4次。

防治草莓灰霉病、叶枯病、叶焦病及白粉病，在发病初期喷药1次，每次每亩用75%百菌清可湿性粉剂100g，对水50~75kg喷雾，每隔7~10天喷药1次，共喷2~3次。

防治玉米大斑病，发病初期，气候条件有利于病害发生时，每次每亩用75%百菌清可湿性粉剂110~140g，对水60~75kg喷雾，以后每隔5~7天喷药1次，共喷2~3次。

防治菜豆锈病、灰霉病及炭疽病等，在发病初期开始喷药，每亩用75%百菌清可湿性粉剂113.3~206.7g对水50~60kg喷雾，每隔7~10天喷药一次，共喷2~3次。

防治芹菜叶斑病，在芹菜移栽后，在病害开始发生时每次每亩用75%百菌清可湿性粉剂80~120g，对水50~60kg喷雾，以后每隔7天喷1次，共喷2~3次。

防治特种蔬菜，如山药炭疽病，石刁柏茎枯病、灰霉病、锈病，黄花菜叶斑病、叶枯病、姜白星病、炭疽病等，于发病初期及时喷75%百菌清可湿性粉剂600~800倍液，每隔7~10天喷1次，连喷2~4次。

防治莲藕腐败病，可用75%百菌清可湿性粉剂800倍液喷种藕，闷种24小时，晾干后种植。在莲始花期或发病初期，拔除病株，每亩用75%百菌清可湿性粉剂500g，拌细土25~30kg，撒施于浅水层藕田，或对水20~30kg，加中性洗衣粉40~60g，喷洒莲茎秆，每隔3~5天喷1次，连喷2~3次。防治莲藕褐斑病、黑斑病，发病初期喷75%百菌清可湿性粉剂500~800倍液，每隔7~10天喷1次，连喷2~3次。

防治慈姑褐斑病、黑粉病，发病初期，用75%百菌清可湿性粉剂800~1000倍液喷雾，每隔7~10天喷1次，连喷2~3次。

防治芋污斑病、叶斑病，水芹斑枯病，于发病初期，用75%百菌清可湿性粉剂600~800倍液喷雾，每隔7~10天喷1次，连喷2~4次。在药液中加0.2%中性洗衣粉，防效会更好。

防治马铃薯早疫病、晚疫病，每亩用75%百菌清可湿性粉剂100~150g，或720g/L百菌清悬浮剂80~100mL，或40%百菌清悬浮剂120~150mL，对水45~60kg均匀喷雾，从初见病斑时开始喷药，每隔7~10天一次，连喷4~7次。

防治豌豆豌豆、蚕豆等的根腐病，用75%百菌清可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%。

防治白菜类猝倒病，用75%百菌清可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%~0.3%。

防治甜瓜叶枯病，大蒜白腐病，胡萝卜的黑斑病、黑腐病、斑点病，用75%百菌清可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.3%。

防治白菜类的霜霉病、萝卜黑斑病、假黑斑病，用75%百菌清可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.4%。

防治豌豆的白粉病、凋萎病，用75%百菌清可湿性粉剂和50%多菌灵可湿性粉剂，按1∶1制成混剂，混剂用药量为种子重量的0.3%，拌种后再密闭48~72小时后播种。

防治西瓜叶枯病，用75%百菌清可湿性粉剂1000倍液，浸种2小时，洗净催芽。

防治苦苣褐斑病，用75%百菌清可湿性粉剂1000倍液，浸种20~30分钟。

防治莲藕腐败病，用75%百菌清可湿性粉剂800倍液与50%多菌灵可湿性粉剂800倍液混配后，喷淋种藕，再盖膜密闭24小时后，晾干播种。

防治西葫芦曲霉病，用75%百菌清可湿性粉剂1kg，与干细土50kg拌匀，制成药土，撒药土于瓜秧基部。

防治西葫芦蔓枯病，用75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，在定植穴内，根瓜坐住时，及根瓜采后15天时，各灌一次药液，每次每株灌250mL。或先刮去西葫芦茎蔓上病斑表层，再用75%百菌清可湿性粉剂50倍液涂抹病斑处，过5天后再涂抹一次。

防治蔬菜苗期猝倒病，用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，用药液喷淋病苗及附近植株。

在保护地中烟熏，防治番茄早疫病、晚疫病、叶霉病、白粉病、灰霉病、菌核病，茄子灰霉病、菌核病，辣椒灰霉病、疫病、菌核病，黄瓜霜霉病、黑星病、灰霉病、炭疽病、白粉病、叶斑病，韭菜灰霉病、菌核病，芹菜叶斑病、斑枯病。在保护地栽培中，每亩每次用45%百菌清烟剂150~180g，或30%百菌清烟剂200~250g熏烟，在发病前或发病初期进行，熏烟在傍晚进行，将棚室关闭封严，药剂均匀分几份堆放在棚室内，用暗火点燃，次日清晨通风。

防治莴苣、青花菜、芥蓝等的霜霉病，在保护地栽培中，每亩每次用5%百菌清粉尘剂1~1.5kg喷施。每间隔7~10天一次，连施3~4次。喷粉时，棚室关闭1小时后再通风，若早春或晚秋喷粉，在傍晚进行，次日再打开门窗、通风口等。

根据百菌清预防保护作用为主的特点及保护地特定环境，在天气适合发病条件下或关键时期，保护地若提早于发病前采用百菌清烟剂熏烟或粉尘剂喷粉（喷粉效果更佳）进行保护，预防效果显著。