甜瓜的主要病害有霜霉病、蔓枯病、枯萎病、角斑病、白粉病等，主要虫害有蚜虫等。这些病虫害的发生正日趋严重。因此有效地防治病虫害已成为今后大棚甜瓜栽培技术的关键。
一、霜霉病：真菌性病害，主要危害叶片。适合发病的温度是20—24℃，高于30℃或低于15℃病菌受抑制。发病初期叶缘或叶背面呈现水浸状病斑，早晨尤为明显，病斑逐渐扩大，受叶脉限制呈不规则形、多角形、淡褐色或黄褐色。棚内湿度大时，叶背面长出灰黑色霉层。严重时病斑连片，全叶黄褐色干枯卷缩，叶面破裂，病植株枯黄，瓜瘦小，品质变劣。
防治方法：
1.加强肥水管理：选择地势较高地块，增施钾肥。大棚生产甜瓜要适当控制灌水，特别在结瓜期，严禁大水漫灌。及时整枝打杈，保持田间有良好的通风条件。
2.药剂防治：用70%乙磷铝锰锌500倍液，强力杀菌王600倍液，50%甲霜灵锰锌600倍液，杀毒矾600倍液，75%百菌清600倍液，72%杜邦克露600倍液，烯酰吗啉等进行防治。以上药剂可以单用，也可以两种混配使用，每隔7—10天喷1次，收获前7天停止用药。
二、蔓枯病：也叫黑斑病、黑腐病，真菌性病害。主要危害叶片，茎蔓和果实。发病初期在主蔓或侧蔓上呈现出浅黄色、油渍状病斑，严重时分泌赤褐色胶状物，干枯后变黑褐色，并产生黑色小点。高温高湿环境最容易发病。
防治方法：
1.实行轮作、倒茬，减少土壤传播病害。
2.施用腐熟农家肥，增施磷钾肥。
3.药剂防治：在发病初期用75%百菌清600倍液，强力杀菌王500倍液，每隔7—10天喷1次，效果较好。
三、枯萎病：是典型的土壤传播病害，种子也可以带菌。病菌为真菌。整个生育期都可以侵染发病。苗期发病主要表现为叶脉发黄，子叶萎蔫下垂，严重时幼苗僵化枯死。成株发病，以植株结瓜中期最严重，发病初期瓜蔓白天萎蔫，近地面茎基部出现暗绿色水渍状凹陷斑，后变黄色或黑褐色。并能分泌出黄褐色油状物，维管束变褐,根系腐烂，导致全株死亡。
防治方法：
1.实行长期轮作。
2.选用抗病品种。
3.采用嫁接技术。
4.施用腐熟的农家肥。
5.增施磷钾肥。
6.药剂防治：用药剂拌种；在甜瓜4叶期，也就是定植时，用50%多菌灵500倍液灌根，每埯200毫升，发病时再灌1次，效果较好。
四、白粉病：真菌性病害，从苗期到收获期均可发生。尤其在生长后期危害最重。主要危害叶片，发病初期在叶面上出现白色的霉斑，条件适宜向四周扩展，形成圆形斑块。严重时大部分叶片覆盖一层白粉状物，影响叶片光合作用，降低产量和品质。
防治方法：
发病初期用20%三唑铜1500倍液，40%杜邦福星800倍液防治，间隔16天防治1次，连续防治2—3次。
五、角斑病：为细菌性病害，叶面染病出现圆形或多角形水渍状灰白色斑，常有菌脓溢出，后期病斑变薄或穿孔。果实染病后呈现出圆形水渍状凹陷斑，绿褐色，后期引起皮层腐烂或开裂。
防治方法：
用72%农用链霉素3500倍液，77%可杀得500倍液，60%百菌清500倍液，47%加瑞农600倍液在发病初期喷雾。
六、虫害：蚜虫：蚜虫是甜瓜病害的传播介体，危害性极大。一般隐藏在瓜叶背面、嫩茎表皮、生长点周围，以刺吸式口器吸食甜瓜叶片汁液，使叶片卷缩、褪绿，严重影响叶片光合作用，降低产量、品质和效益。
防治方法：
要及时清理棚内卫生，发现蚜虫，用吡虫啉及时防治，还可以用20%杀灭菊脂乳油800—1200倍进行防治。。