选择鸭种蛋先看蛋壳结构、颜色和形状是否正常，大小是否标准，蛋表面是否清洁，再摸蛋壳表面是否粗糙，手感蛋的轻重，然后将蛋互相轻轻碰敲，听是否有破裂或金属声。最后用鼻子闻一下，是否有异臭。还可借助照蛋灯、验蛋台，通过光线观察蛋亮、蛋黄、气室等情况。一定要将裂纹蛋、钢壳蛋、沙壳蛋、散黄蛋、双黄蛋、血斑或肉斑蛋，气室过大、气室不正常的蛋剔除。

家禽胚胎发育的临界温度是23.9℃，蛋白的冰点为0.5℃，因此，鸭种蛋保存的温度不能高于23℃或低于0℃。保存种蛋的最适宜温度为12℃-16℃。如保存时问短（5天左右），温度可16℃；保存时间长（超过5天），温度要略降低些，以12℃为宜。无论采用何种温度，保存时间越长，孵化率越低，故最好采用新鲜蛋入孵。如有特殊情况，不能及时入孵，需保存较长时间时，可采用塑料包装法。

保存鸭种蛋的环境湿度，对孵化率也有一定影响。较理想的相对湿度以70％-75％为好，这种湿度与鸭蛋的含水率比较接近，蛋内水分不会大量蒸发。湿度过高容易使种蛋发霉，湿度过低，在保存期中水分过度向外蒸发，气室增大，蛋失重过多，也会影响孵化率。

鸭种蛋的清洁是孵化前准备中的重要一环，因为鸭夜间产蛋，有的无固定产蛋箱，蛋壳极易受到粪便等污染。受污染的种蛋，妨碍气体交换，微生物极易侵入蛋内，引起种蛋腐败变质，污染孵化器，使死胎增加，降低孵化率。已经污染的种蛋必须经过清洗和消毒，才能孵化。

鸭种蛋的消毒，将蛋置于可以密闭的容器内，按每立方米体积用福尔马林30毫升（浓度为40％）、高锰酸钾15克的药量，消毒时在蛋架的下方置一瓷盆，先放入高锰酸钾，然后再倒入福尔马林，迅速关好门，密闭熏蒸20-30分钟，然后取出种蛋送贮蛋室贮存。熏蒸时，室温最好控制在24℃-27℃，相对湿度75％-80％，消毒效果最理想。蛋的表面沾有粪便或泥土时，必须先清洗，否则影响消毒效果。