（1）鱼种放养前彻底清塘消毒，使用生石灰的清塘效果最佳，干塘清塘用量为每亩 60?75kg,带水淸糖用量为每亩（平均水深 lm) 125 ?150kg。
（2）坚持早、中、晚巡塘。仔细观察池塘的水体环境、鱼的活动和摄食等情况,发现问题及时采取措施。巡塘时，还要注意鱼有无浮头现象，水质变化情况，并做好巡塘记录。
（3）合理投喂。根据鱼体发育阶段，鱼的活动情况、季节、天气、水温及水质等，选用鱼喜欢吃的新鲜饵料， 在适当的时候和鱼池的适当位置，投喂适量的饵料。不暴食停食，对草鱼肠炎病，特別要强调投新鲜饵料，吃不完的要捞起，且不要吃得过饱。
（4）培养抵抗力强的鱼种。
（5）免疫预防。由于草鱼细菌性肠炎病往往与病毒性出血病并发，使用药物不易收到预期效果。而用病鱼脏器制成的疫苗，不仅能预防病毒性出血病，而且对细菌性肠炎病和烂鳃病也有一定的预防作用。